Postoji devet izazova na koje se treba usredotočiti prilikom uključivanja probiotika u prehrambene matrice. To su: 1. odabir soja, 2. proizvodnja soja, 3. kako inokulirati hranu, 4. kako osigurati preživljavanje tijekom prerade, 5. kako izbjeći gubitak održivosti tijekom skladištenja, 6. kako izračunati broj kolonija [Probiotics], 7. Efekti na osjetilna svojstva hrane, 8. [Očuvanje stabilnosti proizvoda] u domovima potrošača, 9. I igrati ulogu u gastrointestinalnom traktu.
Naime, u sokovima organske kiseline često donose pH proizvoda ispod 4, što će inhibirati opstanak probiotika. U selekciji treba uzeti u obzir one probiotike koji toleriraju nizak pH, kao što je Lactobacillus nad Bifidobacteriumom.