Iako se probiotici smatraju korisnima za zdravlje, kod nekih ljudi početni unos ovih mikroorganizama može uzrokovati niz neugodnih simptoma. Kad prvi put uzmu probiotike, neki ljudi mogu osjetiti simptome kao što su nadutost, proljev, glavobolja, vrućica, bol u mišićima, magla u mozgu, a možda i tjeskoba. Smatra se da su ti simptomi odgovor na promjene koje se događaju u tijelu, kao što je nestanak potencijalnih patogena ili reaktivacija crijevnih odgovora, fenomen koji se ponekad naziva "Herxheimerova reakcija".
Herxheimerova reakcija početni je odgovor koji obično ukazuje da se tijelo prilagođava novom mikrobnom okruženju. To može biti zbog interakcije probiotika s postojećom mikrobnom zajednicom, uzrokujući smrt bakterija ili otpuštanje metabolita koji pokreću ove simptome. Iako je neugodna, ova reakcija je obično kratkotrajna i brzo se povlači. Može se smatrati dijelom tjelesnog procesa homeostaze.
To obično pogađa samo mali broj ljudi, a simptomi su blagi i obično traju samo nekoliko dana do nekoliko tjedana. Ako vam ovi simptomi stvaraju neugodu, možete smanjiti dozu ili prestati koristiti nekoliko dana prije ponovnog pokušaja; ako ti simptomi potraju dulje od nekoliko tjedana, prestanite ga koristiti; ako imate otežano disanje, stegnuto grlo, koprivnjaču ili druge simptome alergijske reakcije, odmah prestanite koristiti. Kako bi se smanjila mogućnost nuspojava, posebno za one s osjetljivim probavnim sustavom, pametno je započeti s malom količinom probiotika, a zatim povećavati dozu kroz nekoliko tjedana.
Probiotike treba koristiti s posebnim oprezom kod osoba s teškim imunološkim nedostatkom, jer u rijetkim slučajevima uzimanje probiotika može dovesti do infekcije. To je zato što imunološki sustav ne može učinkovito kontrolirati razmnožavanje mikroorganizama u tijelu, što uzrokuje rizik od infekcije.
Neki ljudi mogu imati alergijske reakcije na određene vrste probiotika, osobito kvasce srodne Saccharomyces boulardii. Druge vrste probiotika, poput laktobacila, uglavnom ne izazivaju alergijske reakcije.
Neki probiotici mogu proizvesti histamin u probavnom traktu. Pretjerano otpuštanje histamina može uzrokovati simptome kao što su svrbež, pojačano lučenje suza, curenje iz nosa, otežano disanje, crvenilo i oticanje, osobito kod osoba s intolerancijom na histamin. Izbjegavajte ove probiotičke sojeve kako biste spriječili nelagodu.